Der Elko zwischen Kollektor und Emitter sollte als erstes versucht werden,(er klemmt das Ausgangssignal auf den momentanen Pegel)
Nein, er glättet die Spannung am Ausgang, wenn der Transitor pulsierend schaltet.
Da der potentielle Kollektorstrom des Transistors viel größer ist, als der Strom durch den Pullup, wird so eine ziemlich kleine *) Uce stabilisiert.
*) Weniger als 0,11..0,2V geht mit Bipolartransistoren ohnehin nicht. Ich rechne damit, daß du eine Uce von etwa 0,5..1V erreichst.
Das ist in jedem Fall gut genug.
Intern hat der µC Pullup-Widerstände von 20 Kiloohm die per Software eingeschaltet werden können
Etwas größer sind sie: Nominell 35k bei 5V.
Mit 10µF gibt das eine Zeitkonstanste von 350ms oder die 35-fache zu überbrückende Zeit. Das gibt praktisch Gleichspannung.
Da man aber nicht weiß, ob die Pull-Up-Widerstände softwareseitig eingeschaltet sind, würde ich ruhig noch externe 47k Widerstände einbauen.
Das LOW ist noch zu hoch
Bei 5V Betriebsspannung liegt die Schwelle, bei der der µC sich entscheidet, ob er eine 1 oder 0 sieht, bei etwa 2V.